De taak van de regeringscommissaris werd bekrachtigd in het Koninklijk Besluit E81 dd 13 september 1944. De terugbrenging van Nederlanders naar Nederland was een taak van de regeringscommissaris. De opvang in Nederland en de verdere afhandeling zou in handen van de rijksarbeidsbureaus in samenwerking met de gemeenten komen.
Er werd anders besloten: de repatrianten werden door het Bureau voor Evacuerings-, Repatriërings- en Verzorging van Oorlogsslachtofferszaken van het Militair Gezag opgevangen in Nederland en niet door de rijksarbeidsbureaus, zoals Ferwerda had gewild. SHAEF had tijdens de bevrijdingsperiode het burgerlijk bestuur overgenomen in Nederland. Deze militaire organisatie had verantwoordelijkheden aan het Militair Gezag gedelegeerd, onder andere betreffende de opvang van repatrianten. Ferwerda werd op deze manier buitenspel gezet.
In mei 1945 bleek bovendien dat de repatriëring vanuit het buitenland niet voorspoedig verliep. De repatriëring van Nederlanders uit vijandelijk gebied werd daarom overgedragen aan het repatriëringsbureau van het Militair Gezag. Dit bureau had repatriëringsofficieren bij SHAEF gestationeerd. De verzorging en terugvoering van de displaced persons geschiedden door SHAEF en UNRRA met medewerking van de repatriëringsofficieren. Ferwerda was vanaf dat moment alleen nog verantwoordelijk voor de repatriëring van Nederlanders uit niet vijandelijke gebieden.
In de geallieerde landen werd de verzorging en de repatriëring uitgevoerd volgens bilaterale overeenkomsten. Nederland sloot verdragen met België, Frankrijk, Tsjechoslowakije, Luxemburg en Noorwegen. Missies van het regeringscommissariaat werkten samen met SHAEF en de nationale organisaties van de betreffende landen ten behoeve van de repatriëring van Nederlanders. In neutrale landen was de regering van de eigen displaced persons verantwoordelijk voor de opvang en terugvoering. De missies van de regeringscommissaris waren belast met de uitvoering van deze taken.
In oktober 1945 nam Ferwerda ontslag als regeringscommissaris voor repatriëring. Ferwerda meende dat de meeste Nederlanders gerepatrieerd waren en dat daardoor zijn taak erop zat. De repatriëring van de nog in het buitenland aanwezige Nederlanders werd een taak van de nieuw opgerichte afdeling Repatriëring (en Opsporing van vermiste personen) van het ministerie van Sociale Zaken.
Het Bureau van de regeringscommissaris te Londen bleef in werking. Het hield zich voornamelijk bezig met de nog in Engeland verblijvende Nederlanders en de tijdelijke opvang van Nederlanders uit Nederlands-Indië die via Engeland naar Nederland reisden.