De taak van de afdeling Repatriëring bestond in eerste instantie uit het coördineren van de repatriëring van Nederlanders naar Nederland. In Nederland werden de repatrianten opgevangen in ontvangstcentra. Het verdere vervoer van de repatrianten binnen Nederland was een taak van het Bureau voor Evacuerings- en Repatriërings- en Verzorging van Oorlogsslachtofferszaken van het Militair Gezag, net als de repatriëring van Nederlanders uit Indonesië.
Met ingang van 1946 werd de afdeling Repatriëring ook belast met de repatriëring van Nederlanders uit vijandelijk gebied (Duitsland). Hoewel dit oorspronkelijk reeds een taak van het ministerie van Sociale Zaken was geweest, werd de repatriëring van Nederlanders uit vijandelijk gebied in 1945 overgedragen aan het Militair Gezag. Na opheffing van het Militair Gezag kreeg het ministerie van Sociale Zaken deze taak weer terug. Ook de ontvangstkampen kwamen na opheffing van het Militair Gezag onder de afdeling Repatriëring te vallen.
Per 1 juli 1947 werd de Nederlandse Missie tot Opsporing van Vermiste Personen uit de Bezettingstijd aan de afdeling toegevoegd. De afdeling Repatriëring ging zich naast de repatriëring ook bezig houden met de opsporing van vermiste Nederlanders. De naam van de afdeling werd gewijzigd in de Afdeling Repatriëring en Opsporing van vermiste personen. Daarnaast werd de afdeling ook belast met het houden van toezicht op het Informatiebureau van het Nederlandse Rode Kruis. Een bijkomende taak van de afdeling Repatriëring was de coördinatie van de opsporing en terugvoer van door repatrianten achtergelaten bagage in het buitenland.