Het Commissariaat had tot taak:
- de zorg voor het namens de Nederlandse regering terug verkrijgen van uit Nederland weggevoerde goederen, of vervanging van die goederen welke niet meer opgespoord konden worden
- de zorg voor de beveiliging van de overige Nederlandse economische belangen in Duitsland
De afdeling Restitutie en de afdeling Restitutie Kunst hielden zich bezig met de opsporing van de gestolen goederen. Voor wat betreft de werkzaamheden in het buitenland, viel de de Stichting Nederlands Kunstbezit (SNK) onder het Commissariaat-Generaal voor de Nederlandse Economische Belangen in Duitsland. De SNK maakte als Sectie Kunstschatten, Bibliotheken en Archieven deel uit van het Commissariaat-Generaal voor de Nederlandse Economische Belangen in Duitsland.
De afdeling Beheer had de belangenbehartiging van Nederlandse bedrijven, handelsondernemingen en particulieren in Duitsland tot taak.
De afdeling Juridische en Economische Zaken had tot taak economische en juridische problemen ten aanzien van eigendomsrechten, die zich bij de afdeling restitutie en de afdeling beheer voordeden, op te lossen.
De afdeling Transport was belast met de terugvoering van de Nederlandse goederen uit Duitsland.
De afdeling Interne Dienst was belast met het archief, de boekhouding, de post en de huishoudelijke dienst.
De sectie Motordienst van de afdeling Militaire Zaken was verantwoordelijk voor de eigen transportmiddelen, het stafdetachement van de afdeling Militaire Zaken behartigde de personele zaken. De afdeling Militaire Zaken had eveneens taken ten aanzien van de verpleging, intendance en militaire administratie.
Toelichting taakuitvoering:
Voordat het Commissariaat daadwerkelijk met de opsporingswerkzaamheden in Duitsland van start kon gaan, zijn in Nederland gegevens ingezameld over de te restitueren goederen. De Rijksbureaus voor Handel en Nijverheid hebben door middel van enquêtering bij bedrijven gegevens ingezameld over vermiste goederen. Deze gegevens werden door het Commissariaat gebruikt om de Nederlandse goederen in Duitsland te kunnen identificeren. Het Commissariaat had voor de opsporing en restitutie van de gestolen goederen in het door de geallieerden bezette Duitsland toestemming nodig van de Amerikaanse, Britse, Franse en Russische bezettingsautoriteiten. Op 22 januari 1946 werden door de Geallieerde Bestuursraad te Berlijn (Allied Control Council) de restitutiebepalingen bekend gemaakt. Deze restitutiebepalingen betroffen voorschriften waaraan landen zich moesten houden bij de restitutie van goederen.
Het Commissariaat kreeg van alle bezettingsautoriteiten toestemming voor de uitvoering van de restitutiewerkzaamheden in Duitsland. In de Amerikaanse, Britse en Franse zone konden zogenaamde vertegenwoordigers grotendeels zelfstandig hun opsporingswerkzaamheden verrichtten. In de Amerikaanse zone waren in de jaren 1945-1946 de missie Hoechst en de missie Bremen werkzaam. In april 1946 kreeg het Commissariaat van de Britse autoriteiten toestemming om een Nederlandse Reparations, Deliveries and Restitution missie in te stellen. In de Russische zone was een speciale afdeling met de restitutie belast. De Russen voerden zelf alle opsporingswerkzaamheden uit en het Commissariaat had slechts tot taak de opgespoorde goederen officieel te identificeren en verzendklaar te maken.
Restitutie van Nederlandse goederen in Oostenrijk en Tsjechoslowakije verliep dankzij een goede samenwerking met de autoriteiten eveneens voorspoedig.
Aangezien zowel in België als in Frankrijk Nederlandse goederen werden aangetroffen en omgekeerd, werd met deze landen een 'retroverse-restitutieovereenkomst' gesloten. Deze overeenkomst hield in dat in Nederland aangetroffen Belgische en Franse goederen - en omgekeerd - naar het land van herkomst zouden worden teruggevoerd.
Als de goederen eenmaal in Nederland waren aangekomen, was de taak van het Commissariaat beëindigd. De goederen werden aan de Rijksinstellingen overgedragen, die beslisten wat er met de goederen gebeurde.
Als ontvanger in Nederland traden de volgende instellingen op:
- De Sectie Oorlogsbuit van het Ministerie van Financiën voor alle machines, grondstoffen, transportmiddelen e.d.
- Het Bureau Terugvoer Vaartuigen te Rotterdam voor binnenschepen
- Het Beheersinstituut voor waardepapieren, juwelen, diamanten en dergelijke
- De Stichting Nederlands Kunstbezit voor alle culturele goederen