Tot 1951 was de NFR een federatieve raad, bestaande uit verschillende autonome groepen.
Van 1951 tot 1983 was de NFR een vereniging, bestaande uit afdelingen. Het bestuur bestond ondermeer uit A. van der Meulen (voorzitter) en ir. S.G. Langendam (secretaris).
Sinds 1983 was de NFR een federatie van lidverenigingen met een hoofdbestuur en een verenigingsraad. De verenigingsraad had de bevoegdheid nieuwe lidverenigingen al dan niet toe te laten tot de NFR/VVN. Elke lidvereniging had twee vertegenwoordigers in deze raad. Uit de leden van de verenigingsraad werden de leden van het hoofdbestuur gekozen. Het in 1983 gekozen hoofdbestuur bestond uit 11 leden. S. Minco werd voorzitter, P.Ph. Veerman secretaris.
Er waren afdelingen in Alkmaar, Amersfoort, Amsterdam, Baarn, Beverwijk, De Bilt, Breda, Castricum, Deventer, Doetinchem, Ede, Eindhoven, Gooi en Eemland, Den Haag, Groningen, Haarlem, Den Helder, Den Bosch, Hilversum, Hoogeveen, Klaaswaal en omstreken, Limburg, Oost-Gelderland, Oost-Azië, Rotterdam, Schiedam, Twente, Utrecht, Veluwe-Salland, Zeeland, Zeist en Zwolle.
Het hoofdbestuur bestond anno 2009 uit:
- W. de Bruijn (voorzitter);
- E. Pereboom (vice-voorzitter);
- Mevr. L. Caspers (secretaris).
Verder had de NFR/VVN een aantal commissies:
- Perscommissie, begin jaren vijftig;
- Filmcommissie, begin jaren vijftig;
- Commissie Samenwerkende Verzetsorganisaties, in jaren zestig;
- Commissie Buitenland;
- Commissie Geestelijke Weerbaarheid;
- De Landelijke Sociale Commissie: deze commissie wilde per se niet het werk van Stichting 1940-1045 overdoen, maar slechts die gevallen in behandeling nemen waar de Stichting negatief op had gereageerd. Taak van de commissie was het verlenen van ‘voortdurende zorg voor illegale strijders die het in de toekomst moeilijk krijgen’ en het voortdurend verdedigen van de democratie. In de jaren zeventig werd de Landelijke Sociale Commissie een aparte Stichting. In 1981 besloot het bestuur de commissie vanwege financiële problemen op te heffen en te vervangen door een Sociaal Fonds met een eigen gironummer. Ter nagedachtenis aan de Landelijke Sociale Commissie werd in 1996 de Stichting Wim Tensen Fonds opgericht.