De Militaire Missie in Japan is in 1948 gewijzigd in een civiele missie. De dossiers werden echter niet afgesloten, maar herordend en gebruikt door de civiele missie. In de inventaris zijn de dossiers van de militaire missie en de civiele missie bij elkaar gevoegd.
Het archief bevat de 'normale' dossiers die verwacht kunnen worden in een archief van een diplomatieke post, zoals stukken over protocollaire, politieke en economische aangelegenheden.
Meer specifiek betreffende de nasleep van de Tweede Wereldoorlog bevat het archief van de Militaire Missie een aantal dossiers over krijgsgevangenen. De Zweedse legatie in Tokio heeft een kaartsysteem bijgehouden van Nederlandse krijgsgevangenen en geïnterneerden in Japan. Dit is overgedragen aan de missie.
Daarnaast zijn er stukken betreffende (de registratie van) oorlogsgraven in Japan.