Een deel van het archief van de procureur-generaal bij het Hooggerechtshof is als gevolg van de soevereiniteitsoverdracht overgedragen aan de Indonesische regering, waaronder
- Stukken betreffende de Darul Islam.
- Stukken betreffende Chinezen.
- Archief van de Centrale Dienst der Opiumrecherche.
- Archief van het Centraal Bureau van de Valsemunterij.
- Archief van de Vreemdelingendienst.
- Archief van de Afdeling Criminele Zaken.
- Archief van de Opsporingsdienst.
- Archief van de Persafdeling.
- Dossiers betreffende Duitsers en NSB-ers.
- Archief van het Regeringsbureau voor de Opsporing van Oorlogsmisdrijven.
Begin jaren '50 werd bovendien naar aanleiding van een brief van M. Hatta een groot deel van het archief van de procureur-generaal dat reeds naar Nederland was verscheept alsnog overgedragen aan Indonesië.