Bij de oprichting van het CIB is een cartotheek van de Japanners overgenomen, die ongeveer 80.000 kaarten van burgergeïnterneerden en 36.000 kaarten van krijgsgevangenen bevatte. Hierin waren gegevens opgenomen van geïnterneerden vanaf augustus 1942. Op 1 januari 1946 bestond de cartotheek van het CIB uit drie delen:
- De Japanse cartotheek.
- De Melbourne cartotheek (burgers).
- De Melbourne cartotheek (militairen).
De cartotheek van het CIB telde in 1949 ongeveer 370.000 kaarten, waarvan ongeveer 340.000 kaarten van Europeanen waren en 30.000 van Oost-Indonesiërs.
Na opheffing van het Nerkai werd het uitgebreide en goed geordende archief aangeboden aan het hoofdbestuur van het Nederlandse Rode Kruis, dat er in eerste instantie niet veel belangstelling voor had. Daarna werd het aangeboden aan Instituut voor de Tropen dat het aanbod accepteerde. Het hoofdbestuur van het Nederlandse Rode Kruis bleek na dat zij dit aanbod ter ore waren gekomen, toch interesse te hebben voor het archief van het Nederlands-Indische Rode Kruis. Daarna is er niets meer over de kwestie èn het archief vernomen.